ในเมล็ดฟักทองประกอบไปด้วยโปรตีน ฟอสฟอรัส สังกะสี เหล็ก แคลเซี่ยม วิตามินเอ บี1 และ บี2 โดยเฉพาะโปรตีนและ ฟอสฟอรัส ในเมล็ดฟักทองมีปริมาณมากกว่าในเนื้อสัตว์เมื่อเทียบต่อกรัม สารอาหารเหล่านี้มีคุณค่าต่อร่างกายเป็นอย่างยิ่ง เช่น ฟอสฟอรัส ช่วยป้องกันการเกิดโรคนิ่ว ธาตุสังกะสีมีประโยชน์ต่อต่อมลูกหมากในเพศชาย ไขมันในเมล็ดฟักทองไม่มีคอเลสเตอรอล และให้พลังงานต่ำ จึงไม่ทำให้อ้วน กากใยอาหารช่วยในระบบขับถ่าย